Siementen mukana kulkeutuu mikrobeja, lähinnä erilaisia sieniä. Pääosa näistä on harmittomia, mutta jotkut lajeista alentavat siementen itävyyttä ja aiheuttavat tauteja itävissä siemenissä tai sirkkataimissa. Mikrobien määrä ja lajisto riippuvat käpyjen ja siementen käsittelystä. Tartunnat ovat yleensä peräisin maasta tai tuoreiden käpyjen mukana kerätyistä ylivuotisista kävyistä. Mikrobit leviävät käpyjen keräysastioiden ja siementen käsittelylinjastojen välityksellä. Hyväkuntoiset siemenet kestävät varastoinnin aikana mikrobeja paremmin kuin vaurioituneet tai fysiologisesti heikentyneet. Jotta mikrobien aiheuttamat ongelmat pysyisivät mahdollisimman vähäisinä, kävyt on kerättävä vasta kun siementen ovat täysin kehittyneitä. Siementen käsittelytilojen puhtauteen on kiinnitettävä huomiota tuotantoketjun joka vaiheessa, sillä sieni-itiöt ja rihmaston kappaleet kulkeutuvat tehokkaasti ilmavirtausten mukana.